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Unter José Gaspar Rodríguez Francia erlangte Paraguay 1811 seine Unabhängigkeit. Sein Nachfolger, der Präsident Carlos Antonios López, schuf ein geachtetes Staatswesen und förderte die Einwanderung. 1862 übernahm sein Sohn Francisco Solano López die Führung des Landes.

Schon 1864 stürzte der Präsident López Paraguay in den verheerenden Triple-Allianz-Krieg (1864-1870), der zur blutigsten Auseinandersetzung auf südamerikanischem Boden werden sollte. Von 1.377 Millionen Einwohnern überlebten nur 6.000 Männer und 220.000 Frauen und Kinder. Das reichste Land Südamerikas war ausgeblutet und verlor große Teile seines Territoriums.
Der Krieg gegen die Triple-Allianz: Das von Argentinien und Brasilien bedrängte Uruguay wurde von Paraguay unterstützt. 1864 erklärte López Brasilien den Krieg, weil es nicht von Uruguay ablassen wollte. Als dann auch noch Argentinien den paraguayischen Truppen den Zutritt auf argentinischen Boden verwehrte, wurde auch diesen der Krieg erklärt. Zu dieser Zeit fiel bereits Uruguay. Der Verlierer Uruguay schloß sich mit Argentinien und Brasilien zur Triple-Allianz zusammen und erklärten Paraguay den Krieg.

Nach dem Triple-Allianz-Krieg kam eine instabile Politik auf. Während die paraguayischen Führer sich mit häuslichen Streitigkeiten beschäftigten, besetzten die Bolivianer einen Teil des Chaco, weil sie einen Zugang zum Meer über die Flüsse Rio Paraguay und Rio de la Plata suchten. Die Besetzung des Chaco nahm schon im 19. Jahrhundert seinen Anfang, eskalierte jedoch zum Chaco-Krieg (1932-1935), als 1920 Erdöl in den umstrittenen Gebieten entdeckt wurde und Bolivien von Ölmultis Unterstützung erhielt. Der Krieg dauerte drei Jahre und kostete das Leben von 36.000 Paraguayern (Öl gegen Blut!). Die Bolivianer wurden jedoch zurückgeschlagen.

1936 wurde Coronel Rafael Franco, der Held des Chaco-Krieges, Präsident. Doch bereits 1937 wurde Präsident Franco bei einer Gegenrevolution gestürzt. Von 1934 bis 1954 ging es in der paraguayischen Politik recht lebhaft zu. Ein Bürgerkrieg erschütterte 1946 das Land, denn in Concepción hatten sich Armeeangehörige verschworen, um Präsident Higinio Moríniog zu stürzen

Gegen Ende des 19. Jahrhunderts kam es zu verstärkten Einwanderungen. Deutsche Siedler gründeten in allen Landesteilen Paraguays Siedlungen. Anfang/Mitte der zwanziger Jahre des 20. Jahrhunderts kamen deutschsprachige Mennoniten aus Rußland, Kanada und Mexico nach Paraguay und ließen sich vornehmlich im unwirtlichen, gefürchteten Gran Chaco nieder.